Medfødt duodenalobstruksjon behandles med en operasjon, vanligvis innen noen dager etter fødselen. Da blir tarmen på begge sider av passasjehinderet skjøtet sammen. Etter operasjonen vil barnet bli overvåket nøye, først på barneintensiv/nyfødtintensiv, senere på barnekirurgisk avdeling. Foreldrene får komme på besøk så snart barnet er stabilisert etter operasjonen.
Det kan ta flere uker før tarmene begynner å virke skikkelig, og barnet kan spise alt selv. Barnet vil i den perioden få intravenøs ernæring via et venekateter. Etter hvert som tarmene begynner å virke, vil vi gradvis øke maten i magen. Morsmelk er den beste ernæringen for spedbarn. Hvis mor ønsker å amme, er det viktig å begynne å pumpe så snart som mulig. Mor vil få veiledning til dette.
Når vi ser at barnet tåler økende menger mat i magen, kan det bli aktuelt med overflytning til barneavdeling ved lokalsykehus eller utskrivelse til hjemmet.