Vanligvis opereres barnet i brystkassen (høyresidig thoracotomi eller thoracoscopi). Forbindelsen mellom luftrøret og nedre delen av spiserøret (fistelen) lukkes. Øvre ende av spiserøret skjøtes til nedre del. Under operasjonen anlegges en sonde gjennom spiserøret til magesekken. Dermed kan barnet raskt etter operasjon få melk i magen.
Hvis det foreligger lang avstand mellom spiserørsendene ("long gap" øsofagusatresi), legges det en sonde gjennom en åpning i huden inn til magesekken slik at barnet kan ernæres med melk. Dette gjøres vanligvis i løpet av de to første levedøgn. Øvre del av spiserøret fylles stadig med spytt og må suges jevnlig.
Ved ca tre måneders alder vil det gjøres ny operasjon, og man forsøker å skjøte de to endene av spiserøret. Som regel lar dette seg gjøre. Hvis avstanden er for lang til at de to endene kan skjøtes, er det aktuelt å enten skjøte magesekk eller et stykke av tykktarmen til den øvre spiserørsenden. Operasjonene foretas i narkose, og etter operasjonen gis smertestillende medisiner og barnet har vanligvis lite eller ingen smerter.
Opphold på sykehuset
Det første døgnet etter operasjonen ligger barnet vanligvis i barneintensiv avdeling.
Ved den vanligste formen for øsofagusatresi hvor man lykkes å skjøte de to endene av spiserøret sammen, ligger barnet i barnekirurgisk avdeling til man ser at barnet kan spise tilstrekkelig (2‐4 uker). Som oftest vil barnet overføres til lokal barneavdeling før det reiser hjem. Ved long gap øsofagusatresi, vil barnet være i sykehus i ventetiden (ca tre mnd) før man forsøker å sy de to spiserørsendene sammen.
Barnet utskrives vanligvis fra barnekirurgisk sengepost til lokal barneavdeling. Det første året er det flere kontroller ved barnekirurgisk avdeling. Da undersøker man om barnet har refluks av magesaft til spiserøret, om skjøten er vid nok, og foreldre for råd om ernæring og hvordan nye mattyper skal introduseres.
Behov for kontroll etter første leveår avhenger av symptomer.
Måltider
Barn med øsofagusatresi trenger lenger tid enn andre for å lære seg å spise mat med fastere konsistens. All fast føde må moses/tygges godt. Måltidene kan være tidskrevende og slitsomme det første året. Instruksjon om dette gis til foreldrene. For å hindre gastroøsofageal refluks er det gunstig om barna ligger med hode og overkropp hevet.
Fordi spiserøret ikke har normal bevegelighet eller at skjøten er trang, kan mat (pølsebiter) og evt andre ting barnet svelger (stein, legoklosser etc) sette seg fast i spiserøret. Da må foreldrene kontakte lege. Slike fremmedlegemer fjernes med gastroskopi mens barnet er i narkose.
Ved oppstart i barnehage anbefaler vi at barn med øsofaguastresi får lov til å bruke lengere tid ved matbordet, samt at de har en voksen person som sitter med dem gjennom hele måltidet.
Tørrhoste og luftveisinfeksjoner
Barn med øsofagusatresi har tørrhoste og hyppigere luftveisinfeksjoner enn andre barn. Noen vil trenge medisiner for dette. Alle barn med øsofagusatresi har mykere luftrør enn andre. Dette er årsaken til den typiske hosten barna har. Hos noen få er luftrøret så mykt at det skaper pusteproblemer.