Tynntarmsatresi behandles med en operasjon, vanligvis innen noen dager etter fødselen. Da blir passasjehinderet fjernet, og i de fleste tilfeller kan man skjøte tarmene sammen slik at tarminnhold kan passere på vanlig måte. I noen tilfeller kan det være forhold i magen som gjør at barnet må få utlagt tarm (stomi). Dette er vanligvis en midlertidig løsning, slik at man på sikt planlegger å legge den utlagte tarmen inn igjen.
Etter operasjonen vil barnet bli overvåket nøye, først på barneintensiv/nyfødtintensiv, senere på barnekirurgisk avdeling. Foreldrene får komme på besøk så snart barnet er stabilisert etter operasjonen.
Det kan ta flere uker før tarmene begynner å virke skikkelig, og barnet kan spise selv. Barnet vil i den perioden få intravenøs ernæring via et venekateter. Etter hvert som tarmene begynner å virke, vil vi gradvis øke maten i magen. Morsmelk er den beste ernæringen for spedbarn. Hvis mor ønsker å amme, er det viktig å begynne å pumpe så snart som mulig. Mor vil få veiledning til dette.
Når vi ser at barnet tåler økende menger mat i magen, kan det bli aktuelt med overflytning til barneavdeling ved lokalsykehus eller utskrivelse til hjemmet.